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基于k的DNA序列
发布日期:2019-07-23
序列比较是生物信息学中最基本的操作。序列比较可用于查找关于生物序列的功能,结构和进化的信息。
目前最重要的问题之一是如何计算两个生物序列之间的相似距离。
序列比对和图形表示在第一研究中被广泛使用[1-8]。
序列比对基于评分功能。序列之间的进化距离通过编辑操作(例如插入,删除和字符之间的替换)来定义,并且图形表示以可视方式比较生物序列并将图形转换为矩阵格式。然后,它将不变量提取为序列描述符,用于比较序列。
在本文中,构建了340维向量,其中包含DNA序列的单词k的频率,计算序列之间的相对距离,构建物种的系统发育树,并且该方法的有效性通过组合待测试。实际数据。
1方法1
1k DNA序列是A,C,G和T的四字符集。
长度为k的字符串称为字k。单词k的频率是DNA序列连续出现的次数。单词k的频率包含有关DNA序列的信息[9-11]。]在本文档中,单词k总共取以下四个。
(本文有4页)
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认证信息来源:生物信息学,2013年,第02期